在靖海王尹峰和中华军将注意力集中在辽东时，刚刚平静了几年的南洋地区又一次掀起战火。带头的还是那些马来人苏丹国，包括苏门答腊岛上的亚齐，马来半岛的柔佛及北大年等。起因是婆罗洲的几个马来人苏丹小国被新崖州的华人开拓团灭国、以及爪哇岛原马达蓝苏丹余部以***教圣战名义造反。。
华人在婆罗洲本来就有着很大势力，由于那里有金矿，因此华人开拓团纷纷来到这片密布热带雨林的土地上。开拓团为了黄金什么都能做得出，除了与中华联合公司关系很好的文莱苏丹国外，很多小苏丹邦国因此被华人开拓团灭掉。天启二年的元月，其中有一个小邦国的王子在灭国前跑到了亚齐，成功鼓动起了亚齐人的反华情绪。这是亚齐挑头攻击马六甲的直接原因。
另一方面，经过第二次爪哇之战，也就是上一次的南洋大战后，荷兰人被赶走、马达兰邦国覆灭，荷兰东印度公司的巴达维亚城被中华军占领，重新被叫做雅加达。爪哇镇守府正式成立，设立了东中西南爪哇等四个县。这个岛有着经过火山灰肥沃的土地、适宜水稻、甘蔗种植的气候，吸引了大批华人移民到来。井里汶、泗水等地的原各家华人家族全都向中华军输诚，有一些成了地方官。此后几年，几十万华人分批到来，五年之内就达到二十万人以上，大多是长江以北各地的灾民和福建等地的贫民，跟着移民来到爪哇的还有闽浙粤等地的商人，两淮盐商、浙商等都有人携带大量资金来到爪哇岛，大手笔买下土地，开设了华人经营的大农庄。
岛上的马来人本来就分处多个邦国，并无什么民族团结意识，普通百姓是一盘散沙。因此爪哇岛北面的大片土地很快被中华军强行征收，马来人未做什么抵抗。这些上好的土地拍卖给了各家华商，或者建立起直属中华公司的移民农庄，或者是中华军军屯基地。
不久，一些泉州回族商人也来到了雅加达。这些人给中华军对爪哇岛的统治带来了麻烦。中华联合公司内部的主要董事级大佬中，泉州人及泉州周边地方人占多数。因此，泉州回回商人得到爪哇镇守府及中华公司南洋分部的大力支持，很快在井里汶、泗水、万丹等地占据了大宗货物批发贸易的一半份额。
长江以南各地的回族商人纷纷赶往爪哇岛，建起了不少中国***居住区，爪哇岛上出现了以中文作祈祷词的清真寺。
实际上，在十五世纪中叶以前，爪哇岛主要的***传道者都是云南等地过去的中国回族人。在明朝郑和船队的支持下，非***的华人武装被消灭，华人***团体被扶植上位，哈纳菲教派华人***社区成为爪哇岛***教传播中心，华人***成为所有马来人信徒的指导老师，本地信徒在清真寺作祈祷时用的是中文，夹杂阿拉伯语。下西洋的航行停止后，贸易衰弱导致南洋各国的哈纳菲华人***社区随之衰落，华人***社区的清真寺也渐渐地转变成为三宝公庙，在三宝垄、安哥等地华人***越来越少。最后，那些***教士放弃了以中文传教的做法，开始以爪哇语传教祈祷，大力发展本地人的***社区。
泉州回族人来到爪哇，是近150年后中国***重返爪哇岛。新的华人***社区建设了新的以中文传教的清真寺，回族阿訇们秉承祖先的宗旨，还向所有土著***开放。泉州回族商人以清真寺为中心，开办不少工场、商铺，招收土著为他们工作。大批失去土地的爪哇土著成了华人的雇工，还开始去以中文传教的清真寺礼拜祈祷。
这就直接侵犯了爪哇岛上***教高层教士的利益--他们的收入大大减少了。
虽然爪哇岛土著***的教义祖师爷确实是中华回族阿訇，但此刻爪哇岛本土政权大都已经衰落覆灭，能够维系爪哇岛土著原统治阶层统一关系的就剩***教了。那些土著***教士是维系土著高层的纽带，他们的不满引起原先各个苏丹国统治阶层的共鸣，因此在中华军北伐女真八旗战役打响的时候，爪哇岛爆发了宗教骚乱。在土著***教士带领下，以教派之争为借口，土著们拦截去华人清真寺作礼拜的本地人，进而冲击回族清真寺，然后就是对华人***社区以及所有华人区的烧杀。
首先是三宝垄，然后是泗水，几天内以宗教名义掀起的暴乱蔓延到了井里汶、雅加达、万丹，遍及爪哇全岛。各地华人民兵包括庄丁队和保安队、开拓团组织了抵抗，一时之间爪哇岛上再一次烽火遍地。
爪哇岛原马达兰苏丹的一名王子趁乱逃到了苏门答腊岛亚齐王国，向亚齐求援。亚齐人正打算进攻马六甲，无暇去爪哇帮忙，就鼓动与其结盟反华的旧港苏丹出兵帮助爪哇人。
苏门答腊南部各苏丹国联军开始集结在巨港，攻打巨港的华人区。同时，巨港军队渡海袭击万丹及雅加达。
天启二年元月，在辽东战事暂时结束之际，南洋各地马来人的反华暴动正式升级为反中华靖海王的战争。
爪哇镇守府镇守使吴浩，原是李丽华卫队队长，上一次南洋大战井里汶商馆保卫战的功臣。旅部驻在雅加达的中华军爪哇旅旅长祖光鲜，在上一次南洋大战时，原是南洋旅驻扎井里汶王城的一名哨队指挥官。
这几位长期驻在爪哇，是中华军中最熟悉爪哇情况的指挥官。他们很了解爪哇人一盘散沙的实际情况。虽然这一次爪哇反华暴乱有宗教为纽带，但还是有东爪哇的巴苏鲁安、帕章等地爪哇封建主站到了华人这一边。这几个爪哇封建主原先就是马达兰苏丹家族的世仇，在得到泗水华人家族的武器援助后，在马达兰反叛军攻打泗水时突袭了他们后方，帮助华人守住了泗水城。
吴浩、祖光鲜等一开始也没太注意辖境内的原住民暴动，但在事情闹大后，就立刻联系那些平常结好华人的爪哇封建领主。以原马达兰国人为主的反华叛军一举一动，基本都被中华军得到了消息。中华军及各种民兵武装及时调整部署，以少量兵力坚守各地屯田农庄、移民村的坚固堡垒，南洋旅主力分驻主要城市。泗水、三宝垄、井里汶、雅加达、万丹这些重要城市及港口，也是主要华人商业中心，都经受住了爪哇叛乱者的第一轮攻击狂潮。
随着南洋舰队援军的到来，以及泗水华人组建的华人开拓团、东爪哇人、巴厘岛人联军开始出击，爪哇岛的局势在天启二年三月开始扭转。爪哇各地华人武装及土著盟军在南洋舰队陆战队帮助下，相继转守为攻。
马六甲是南洋舰队的主基地，在天启元年这一年中，南洋舰队的主力一部随要塞总管郑芝龙出击锡兰岛，一部回援广东等地支援主力北上辽东的台湾舰队。因此，在南洋各地马来人叛乱开始时，马六甲要塞只驻扎了南洋舰队的一艘战列舰和十几艘双桅炮舰，以及马六甲要塞守备团的两个营1000名步军—守备团主力跟着郑芝龙去锡兰岛和荷兰人作战去了。另外，就是还有柔佛、马六甲华商开拓团、马六甲各地华人屯田农庄的团练民兵，拥有各种杂乱武器的民兵武装总计在2000人左右。
由于兵力不足，天启二年元月以爪哇岛为起始的南洋各地马来人叛乱，对马六甲城中华军而言，有点措手不及。由于初期只是爪哇岛、苏门答腊南部各地的叛乱，马六甲中华军抽调出兵力首先奔赴爪哇岛。
留守马六甲要塞的南洋舰队副总管、南洋水手陆战队总队长林水生一开始没有预料到马来人叛乱会席卷整个南洋。他在收到爪哇告急的消息后，亲自带领南洋舰队留守马六甲的舰只大部出击爪哇，只留下了飞鹰号战列舰及几艘双桅福船炮舰在马六甲河河口驻防。他还带走了部分马六甲守备团的百余炮兵。
二月份南中国海刮着北风，由于爪哇岛战乱，大量的中国商船都奔向马六甲。葡萄牙、西班牙、英国、荷兰等国商船也避开万丹、雅加达港，，齐聚马六甲海峡。
就在马六甲商船云集时，各国商人大作生意的时候，亚齐伙同北大年等马来人小邦国一齐发难，向马六甲进攻。
如果不是驻扎在西婆罗洲新崖州的赵宣明第六师刚好来到马六甲，带来了第六师一个团，马六甲各国商人很可能会损失惨重。当时中华军的马六甲要塞指挥官是步军少校张魏，十年前原是赵宣明“铁壁团”的一名哨长，参加过讨伐日本萨摩藩的战争。
亚齐人事先已经派出数百人化妆为土著商人混入马六甲。
马六甲要塞堡垒确实防守坚固，在马六甲城及河口贸易大市场突然发起暴动的亚齐人乘乱已经有数十人冲入城堡内了，差一点就攻占整个城市了。张魏此时正在正南门巡视，带领自己的卫队直接冲了上去，在狭窄的堡垒门口将冲入堡门的亚齐人一一砍死。随后，他发出告急烟花信号，在要塞山顶打响了要塞保卫战的第一炮。
马六甲要塞堡垒是在原葡萄牙人留下的A Famosa城堡基础上扩建的。这个A Famosa（意为“著名的”）城堡是葡萄牙人1511年攻占马六甲之后修建的。马六甲沦陷之后，葡萄牙将领ALFONSOD ALBUQUERQUE立刻强迫劳工和俘虏们修建了一个临时的碉堡来防御马来人的攻击。同时他们开始修建主城堡，也就是后来被称为“A Famosa”、正式名称为“The Fortaleza de Malaca”（马六甲要塞）的这座城堡。
修建A Famosa一共耗时五个月的时间。期间，因为气候炎热和食物不足，很多劳工死于这里。修建城堡的原料来自于被拆掉的马来人墓碑和清真寺以及其他建筑。完成的城堡有四个堡垒，城壁厚达2.4米。到了1583年，马六甲已成为一座防御完备的城市。有70门面对不同方向的大炮，曾被誉为“东南亚最坚固的堡垒”。它也成为当地人心中一种恐惧的象征。
在此基础上，葡萄牙人不断的把A Famosa向四周扩展。A Famosa地域最大时包括了现在中国人手中马六甲城的南半部。葡萄牙人也把这座城堡变成了一个基督教城市。他们在里面建立了五个教堂，一个礼拜堂，一个修道院，一个医院以及主教和官员的宫殿。
中华联合公司占据马六甲后，扩建了要塞防御体系。由西欧雇来的法国、意大利工程师以及无数马来人、华人劳工建设了新的马六甲城，使它的城墙延长并且在河口重建了最坚固的河口城堡。
在马六甲保卫战第一天，就是这河口城堡上发射五十斤铁弹及霰弹的八门大炮，配合着南洋舰队的飞鹰战列舰击退了亚齐人偷袭马六甲海峡的几百艘放火船，各国商人的几百艘商船乘机四散逃跑。
马六甲的制高点是作为华人公墓的三宝山，以及圣保罗教堂所在的圣保罗山。圣保罗山原名“马六甲山”。葡萄牙人占领马六甲后，这座山被从新命名为“圣母玛利亚山”。圣保罗教堂原本是一个礼拜堂，被马六甲的葡萄人称为“圣母礼拜堂”，因为凭着其居高临下的战略位置可以避免敌军从南中国海进攻，因此也被誉为“山上的圣母礼拜堂” ，这是马六甲最古老的天主教堂。
第一天的攻击失败后，亚齐人的军队乘夜渡过海峡，和柔佛人会合，加上后期赶来的北大年军队，开始了对马六甲长达四个月的围攻。