农业改革的巨大成就也促进了军政建设的发展。武果本着精兵简政的原则很早就开始着手按照后世的三三制建军。
十人一班，三班一排，三排一连，三连一营，三营一团，三团一旅，三旅一师，三师一军。（后世取消了旅的编制）一个连另有一班火头军，一班斥候，一个营又加一个匠作班，一个医护班，一个斥候排，一个警卫排。一个团有一个斥候连和一个警卫连。
基本算来，一个连的人数在10人左右，一个团有100人，一个旅有近4000人，一个师有近1000人，而一个军将达到40000人以上。
为了更好的进行规范和便于管理，武果还将后世的军衔制稍加改动也加了进来。兵分为列兵、下士、中士、上士四个等级；军官分为少尉、中尉、上尉、少校、中校、上校、少将、中将、上将九级。
经过跟众兄弟和二老商议，大家一致同意将原卧龙堡护卫营改名为江东护民军，下设一个师的编制，（实有一旅4000人，二旅800人，水军旅000人）。
具体编制如下：江东护民军一旅，旅长王宝兼一团团长，少将军衔。旅部及一团驻地在安平城，一团实编1500人，全员骑兵；二团团长刘勇，上校军衔，驻地右营，全团实编100人全员骑兵；三团团长张成，上校军衔，下辖两个骑兵营和一个步兵营共100人，团部驻守小林城，另外步兵驻守在承平城外，由副团长武豹中校率领。
江东护民军二旅旅长周封少将兼四团团长，驻地秀平城，全团加旅部直属营共1500人全员骑兵；五团团长刘义上校，全团满员三个骑兵营100人，驻地三江右城；六团团长武龙中校，全团1100人，两个步兵营和一个骑兵营分别驻守左营和靠山营。
江东护民军水军旅，旅长胡瓜上校军衔，兼一团团长，专司负责含江口以北的防务和商船护航，下属战舰七艘，人员1100人，现在正加紧承平水寨的建设；二团团长何林上校，战舰六艘，人员900人，专司负责含江口以南的防务，新建成的泥鳅湾水寨已经投入使用，现在是二团的大本营。
武果一直都十分注重水军规模和战斗力的培养，原来的含江口水寨如今成了江东水师的战舰修造基地，武果把战舰修建的速度控制在每月一艘的水平，随着工艺的逐渐成熟，现在水军使用的战舰都是最近两年内建造的新船，替换下来的经过翻修都卖给了大燕和南燕水师，分别是十艘和十五艘，拆除了齿轮组和巨大水轮以及所有武器设备的旧船还是让他们如获至宝。
如今的双江城被冯氏兄弟治理得井井有条，早已不是当初的景象。三年前兄弟俩愿意投效，武果便配合的上演了一出暗夜败退的好戏。兄弟俩现在成了大燕国在江东地区的最高领导者，暗中又有卧龙堡的支持，武果还派出何山带着一些忠心的铁卫进一步加强管理和掌握。如今的双江城成了远近闻名的粮食集散地，四方商贾都云集这里收购卧龙堡发售的余粮，光是每年的税收就足够两人打通各处关节，加上几年前让所有官员丧命的战乱，到也没有人愿意来抢他们的位子。
武果经不住众人的劝告，以原来的铁卫为基础骨干，抽调各营的精锐组建了堡主府卫队，一共有500人，由虎子担任队长。这些人原本就是各营中的佼佼者，又经过武果几年的言传身教，如今更是成了精英中的精英，个个都是弓马娴熟，精于暗战。进行授衔时武果才发现，全队竟然没有一个新兵，最低的军衔都是中尉，全部都是老护卫营中的老兵，年龄都在二十五到四十岁之间。
如今的江东护民军早已实行了薪金制度，这些人除了每个月按照军衔领取一份津贴，还有堡主府一份额外的补助。加上经常在堡主身边办事，一旦外放至少也是个连营长的职务，武果干脆把他们当成后备军官来培养。于是每年秋天的护民军大比武中，各路高手无不使出浑身解数力争上游，因为武果规定，每年大比武的前十名可以调任堡主府卫队。
对于军中的优胜劣汰，武果也将后世的兵役制度进行了适度的调整。凡是卧龙堡在册人员，（已担任工职的除外），年满十六岁，身体健康无残疾着皆必须入军中服役，三年为期，男修兵战，女修医护，服役期间享受津贴，而且家人享受十五税一的待遇。表现良好的可凭自愿申请转为士官，（大部分都会申请留下，毕竟卧龙堡对待军人的各种优惠政策让大家有目共睹，而且年轻人血气方刚，都热爱极具荣誉感的军旅生涯）特别优秀的更是有机会被提拔成军官。
对于年龄超过四十五岁的，除非军衔达到少将的，不然一律退出现役，转入预备役，不再担任兵事。如今的卧龙堡各城镇都建立了民事机构，这些退役的军官可以自由选择到各城镇担任巡捕或是到巡查司任职。他们和那些服役三年后退役的士兵一起保留了军衔，平时为民，战时为军，既支持了地方建设，又为军队保留了充足的后备人才。
武果坚信只要持之以恒，经过多年的轮换后，不但能保持军队的战斗力，一有战事，这些预备役人员只要下发武器，就是一只保境安民的重要力量。
武果如此善待这些军人，一来他们现在就是唯一的武装力量，二来也是为了在卧龙堡里形成一种拥军爱军的氛围。经过几年的试行，如今的卧龙堡上下，无人不对那些门楣上悬挂着一块‘军属’牌匾的人家高看一眼，因为这表明这家至少有一人是现役军人。
人总是好面子的，何况家里当兵的人还能每个月捎回来白花花的银子，于是每年中秋过后堡里征兵的日子里，各家各户的父母老人都会拉上自家适龄的儿子女儿，孙子孙女，早早赶到注册属地附近的军营里验兵。
男兵一般都可以录用，而女兵因为只在军营里充当医护兵种，需要的人数较少，于是大家为了那原本就不多的名额争来吵去。最后还是武果想出了一个解决的办法。就是凡文化考试合格，体检过关者全部录取，进行一年的学习和训练后淘汰一半，剩下的再经过一年再淘汰三分之二。留下的转为医护兵，授予中士军衔，成为职业军人。所有被淘汰的享受退伍的待遇，可以自由的选择回家或是学习其他的手艺进入各城镇的染坊或织厂做工，但是所有人都必须无条件的转入预备役。
武果不知道的是这样做导致了两件事情的发生：一是大量掌握了基本卫生医护知识的女兵为后来的全民卫生运动打下了基础；二是大量女工人的出现迅速提升了女性的社会地位，她们逐渐摆脱了对男人的完全依赖。
这几年武果把工作的重点放在内政的建设和完善当中，后勤这一摊子全部交给了别人。每年由王大庆和赵河负责的贸易都可以用大量的烧酒、粮食、布匹和船只为卧龙堡带来巨额的收入。每天的出入库登记都是令人咋舌的数字，好在前几期毕业的学生如今都担当了各个部门的骨干，到也有条不紊，不会出现大的偏差。
这几年光是通过船只买卖，卧龙堡就从大燕国和南燕引进了牛马近二十万头（匹），牛和劣马被分配到各处耕种或拉车，武果派人从中挑选了三万匹好马配给军中和建立自己的马厂。如今的江东护民军即便是步兵营都是人手一匹战马，只是他们训练的侧重点是城市的攻防战，配备了比骑兵营更多的驽马用以拖拉大型的攻城器材，如大型的投石机和大型的床弩。
各骑兵营基本上做到了一人双马，他们更加注重的是高机动性和强大的冲击力。
随着匠作营人手的增加和技术的成熟，加上武果剽窃自后世的一些技术的运用，后营如今已经能够使用水力锻床锻打出品像较好的钢材了。武果除了严密控制生产工艺和方法，要求刘大叔他们将全部精力都投入到武器装备的研制和完善当中。现在的护民军骑兵大部分都是重骑兵，他们除了每人一套头盔、锁甲、长刀、劲弩等与轻骑兵和步兵相同的制式装备外，他们的战马另外还加了一套裙式正面护甲，完全把战马的正面都保护了起来。
精良的锻造技术的发展使得士兵们全身的铠甲质量更好，重量更轻，穿戴上全部装备行军比每天五十斤负重跑步可要轻松了许多。
融合了精钢机件的手弩全重不到三斤，却可以在150步的距离上穿透大燕军中最好的铁甲，而木身钢甲的长弓的有效射程达到了50步，床弩更是达到了令人恐怖的500步。
良好的防护和精良的武器一直是武果追求的及至，虽然为此他每年投入的费用都在100万两银子以上。好在去年在小林城附近发现了巨大的露天赤铁矿可以节省一大笔花消，尽管如此卧龙堡这几年的年收入都稳定在1000万两左右。（未完待续）